Amplymate

ここでは、Dockerを使ったアンプリコンシーケンス解析パイプライン（Amplymate）を紹介します。

主な解析内容

Amplymateでは、illumina sequencerで得られたデータを対象に、以下の解析ステップを扱います。

1. プライマー配列に基づくdemultiplex cutadaptを用いて、プライマー配列ごとにリードを分離します。非特異的に増えた配列の除去も目的としています。

2. アダプタ配列の除去 cutadaptを用いて、解析に不要なアダプタ配列を除去します。

3. クオリティコントロールとASV配列の作成 Rのdada2パッケージを用いて、リードの品質管理、ノイズ除去、ASV（Amplicon Sequence Variant）配列の推定を行います。

4. 分類群のアノテーション 得られたASV配列に対して、分類群情報を付与します。

5. OTU化 vsearchを用いて、ASV配列をOTU（Operational Taxonomic Unit）としてクラスタリングします。