NCBI genome download

1. ダウンロードするファイル数・サイズが小さければ以下のページから NCBI Genome

2. ダウンロードするファイル数・サイズが大きければ以下のツールを使用 NCBI Datasets command-line tools

Metadataのダウンロード例

datasets summary genome taxon 2 \
    --assembly-level complete,chromosome,scaffold,contig \
    --assembly-source RefSeq \
    --exclude-atypical \
    --as-json-lines | \
    dataformat tsv genome --fields $field\
    > ./Appendix/data/ncbi_data.tsv

Figure 1